引起黄锈石病的原因很多。我们可以将其分为三类：物理损伤、化学损伤和微生物损伤，下面我们对这三个方面的因素做相应的介绍。
1、物理破坏造成的损伤：包括冻融损伤、晶体损伤都是在冬季温度较低的条件下发生的，冻融损伤是指水进入黄锈石中，受冷结冰，体积膨胀，使黄锈石开裂；结晶损伤是指盐类物质溶于水通过毛细血管渗入黄锈石的现象。在干燥条件下，盐类成分产生结晶现象，晶体膨胀产生的压力使其表面呈鳞片状或粉末状脱落，干湿交替条件下晶体损伤严重。
2、化学腐蚀损伤：黄锈石污染或腐蚀会引起锈斑、水痕、白华等病害。在石材开采、加工、运输、安装、使用等过程中，不可避免地会接触到铁制品。防止生锈的关键是石材在安装前应该通过将树脂注入的防水处理，以防止铁质矿物被氧化而渗出石材表面。石材安装后应该清洗干净，防止石材外部污染造成锈迹。
3、微生物的破坏：一些微生物会生长在潮湿的黄锈石上，这些微生物不但会对黄锈石的外观和色泽产生破坏，其新陈代谢的某些产物如地衣酸等会将黄锈石及其黏合剂腐蚀。某些生物酶酶能使硅铝酸盐释放阳离子，而阳离子可被微生物降解破坏。微生物的破坏加速了其他几个破坏过程。
4、自然反应生成。因为石材内部的物质是由赤铁矿和硫铁矿组成的，这些铁矿物在与空气接触时被氧化，形成三氧化二铁，并渗透到石头的孔隙中。