柱状活性炭的吸附能力与水温和水质有一定关系。水温越高，活性炭的吸附能力越强。如果水温高于30°C，则吸附能力将达到要求并可能逐渐降低。当水质为酸性时，活性炭对阴离子物质的吸附能力相对较弱。当水质为碱性时，柱状活性炭对阳离子物质的吸附能力减弱。水的pH值不稳定，这也会影响柱状活性炭的吸附能力。
柱状活性炭的吸附能力与水的接触时间成正比。接触时间越长，过滤水的质量越好。过滤后的水应缓慢流出过滤层。使用前，应将新的活性炭清洗干净，否则黑水将流出。在将活性炭放入过滤器之前，应在底部和顶部添加2至3厘米厚的海绵，以防止大颗粒（如藻类）渗透。使用活性炭2至3个月后，如果过滤效果降低，则应更换新的活性炭和海绵层，应定期更换。
在颗粒的表面上形成平衡的表面浓度层，然后有机杂质被吸附到活性炭颗粒中。初始吸附效果非常高。但是随着时间的流逝，活性炭的吸附能力会不同程度地减弱，吸附效果也会降低。如果水族馆中的水浑浊且有机物含量高，则活性炭将迅速失去其过滤功能。因此，应定期清洁或更换活性炭。
柱状活性炭颗粒的尺寸也影响吸附能力。一般而言，活性炭颗粒越小，过滤面积越大。粉末状活性炭具有的很大总面积和具有不错的吸附效果，但是粉末状活性炭很容易与水一起流入水族箱，这很难控制并且很少使用。颗粒状的活性炭由于颗粒的形成而不容易流动，并且水中的诸如有机物的杂质不容易在活性炭过滤层中被阻挡。其吸附能力强，携带和更换方便。
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